Como es bien conocido, existen también microorganismos que deterioran completamente los alimentos hasta dejarlos inaceptables para el consumo humano. Especialmente este fenómeno se da en descuidos en los cultivos, en malas prácticas de poscosecha, en condiciones inadecuadas de almacenamiento y en las demoras para consumirlos.
Los microorganismos que actúan con más frecuencia en este caso son las bacterias y los hongos (moho). Se estima que, de la producción total de hortalizas y verduras, hasta un 25 por ciento se pierde totalmente por las causas anteriores. En este caso, un factor coadyuvante es el alto contenido de agua de los productos. El otro grupo de alimentos que desarrolla factores acelerados de deterioro es el de los cárnicos.
En los dos grupos las características de la acción microbiana negativa es diferente para cada producto, como sucedería entre las carnes de res, pollo o pescado o, comparativamente, entre un tomate, un aguacate o una alcachofa. También se debe tener en cuenta el fenómeno de transmisión de agentes patógenos al organismo humano por el mal manejo o mal procesamiento de alimentos. De allí provienen los brotes epidemicos, las alergias y distintos tipos de infecciones, entre otros.
Algunos agentes provienen del alimento en sí y otros, de malas prácticas higiénicas en el lavado y guardado de los instrumentos de cocina. La temperatura es un factor que acelera la acción de deterioro de los productores perecederos de tal manera que, a mayor temperatura ambiente hay una acción destructora mas acelerada. Es por ello que el frío es una ayuda efectiva en la conservación de los alimentos porque retarda la acción de los microorganismos.
La refrigeración es una escala de frío que permite una defensa parcial de los productos por pocos días. La congelación, como todos los sabemos, es otro apoyo a la conservación porque elimina muchos de esos agentes negativos. El enfriamiento rápido o choque de frio es otra ayuda porque mata muchos microorganismos en ese corto tiempo del proceso. Por supuesto el fenómeno contrario, o sea el de altas temperaturas, también produce la destrucción total de los microorganismos que deterioran los alimentos. Solamente actuarán sobre los alimentos preparados, los agentes presentes en el medio ambiente.
El elemento de apoyo al crecimiento de microorganismos es el agua, y es por eso que técnicas como el ahumado, la salazón, la adición de azúcar y la deshidratación mecánica o natural por exposición solar, contribuyen a la pérdida de agua y, por lo tanto, a la conservación de los alimentos. Igual sucede con los ácidos agregados a los comestibles. Esta es la razón conservante del vinagre y el limón porque actúan contra el ambiente de supervivencia de los agentes de destrucción. Lo anterior explica la presencia del ácido acético en muchos de los alimentos empacados.
En los productos curados, especialmente cárnicos, la adición de sales, nitratos y nitritos es la forma como se apoya la conservación porque retrasa y previene el desarrollo de microorganismos perjudiciales. El CO2 es otro conservante que inhibe el crecimiento de los microorganismos sobre los alimentos. En este caso no se aplica sobre el producto directamente, sino que este y otros gases desinfectantes, se utilizan en las instalaciones en donde se almacenan los productos.
