Los riesgos propios de la fabricación artesanal e industrial de helados están relacionados con los diversos ingredientes utilizados en su elaboración. Estas materias primas, principalmente aquellas ricas en proteínas, como los huevos y la leche, ofrecen a los microorganismos, en especial a la mayoría de las bacterias patógenas, la oportunidad para que se multipliquen rápidamente.
Los riesgos higiénicos a lo largo del proceso de elaboración del helado pueden clasificarse en primarios y secundarios. Los primeros están relacionados con la carga microbiana aportada por las materias primas. Los segundos, son aquellos originados por las condiciones operativas en los diversos estadios de su elaboración.
Además de lo anterior es necesario tener en cuenta que un medio ambiente descuidado también puede influir negativamente sobre la calidad higiénica de los helados. Los microorganismos se encuentran en el aire y en el suelo en grandes cantidades, mientras que en el agua fresca y la marina se encuentran en menor proporción.
En el proceso de elaboración de los helados, a medida que la temperatura desciende en el proceso de congelación, la actividad microbiana disminuye. La formación de cristales de hielo de agua pura provoca una disminución del agua disponible. Además de la disminución de actividad microbiana también se produce la muerte de una parte de los microorganismos (a una mayor velocidad de congelación menores son los daños en las bacterias, a una congelación lenta mayores son los daños en las bacterias).
En los helados, los coloides, sales de la leche (principalmente fosfatos), lactosa y caseína, protegen a los microorganismos de los daños de la congelación. Debe tenerse en cuenta que las toxinas microbianas y su toxicidad no se ven alteradas por la congelación, al igual que las esporas bacterianas. Luego del almacenamiento prolongado a temperaturas bajas (menor a -18°C) se encuentra que sobrevive un porcentaje considerable de microorganismos, inclusive los patógenos.
La causa principal de los casos de enfermedad relacionada con el consumo de helados contaminados con microorganismos o sus toxinas son principalmente Salmonella, con distintas variantes responsables de infecciones; Staphylococcus aureus, formadoras de toxinas, y de forma esporádica Shigella y cepas enteropatógenas de Escherichia coli. Datos recientes de las autoridades sanitarias de Estados Unidos informan, asimismo, de la retirada del mercado de casi 1.000 litros de helado de chocolate por contener una elevada contaminación de Listeria monocytogenes.
Pese a que la tecnología permite detectar con relativa facilidad los microorganismos citados, es importante destacar que los alimentos contaminados por gérmenes patógenos no suelen presentar manifestaciones perceptibles, por lo que resulta necesario realizar los controles correspondientes a fin de asegurar la calidad microbiológica del producto. Cuando la alteración microbiológica es notable, suele manifestarse por su aspecto u olor.